Sankt Jans Kirke er enda en severdighet på Gdańsks kart. Kirken kan vi møte når vi spaserer langs elva Motława i retning mot gamlebyen. Denne kirken ble bygd i den andre halvdelen av det 14. århundre i gotisk stil. Opprinnelig sto det et lite kapell der, senere ble det bygd en basilika som var en filial til Sankt Katrines kirke, den eldste sognekirken i Gdańsk. Dens historie går tilbake til det 12. århundre. Den ble gjenoppbygd etter krigen og i dag kan den skryte av bl.a. et epitaf til den kjente astronomen fra Gdańsk, Jan Heweliusz. I kirken kan man beundre et stenalter laget i 1612 av Abraham van den Blocke, som er bevart til i dag, samt malerier i sideskipene. Kirken er nå brukt som et kultursenter der man holder mange forestillinger, konserter, utstillinger og festivaler.